O Fundo Amazônia é gerido pelo Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social – BNDES, que também se incumbe da captação de recursos, da contratação e do monitoramento dos projetos e ações apoiados.

O Fundo Amazônia conta com um Comitê Orientador - COFA, com a atribuição de determinar suas diretrizes e acompanhar os resultados obtidos; e com um Comitê Técnico - CTFA, nomeado pelo Ministério do Meio Ambiente, cujo papel é atestar as emissões oriundas de desmatamentos na Amazônia. 

A partir da instituição da Comissão Nacional para REDD+ (CONAREDD+), responsável pela implementação da Estratégia Nacional para Redução das Emissões de Gases de Efeito Estufa Provenientes do Desmatamento e da Degradação Florestal, Conservação dos Estoques de Carbono Florestal, Manejo Sustentável de Florestas e Aumento de Estoques de Carbono Florestal (ENREDD+), uma nova instância de governança do tema foi criada. Dentro dela, o Fundo Amazônia já foi designado elegível para acesso a pagamentos por resultados da Redução de Emissões provenientes do Desmatamento e da Degradação Florestal (REDD+) alcançados pelo país e reconhecidos pela Convenção-Quadro das Nações Unidas sobre Mudança do Clima.

As regras e critérios para a captação e o uso de recursos de pagamentos por resultados REDD+ são definidos pela CONAREDD+, responsável por coordenar, acompanhar e monitorar a implementação da ENREDD+.