Anualmente, o Fundo passa por dois processos de auditoria.

O primeiro processo refere-se à auditoria contábil (financial audit), que ocorre no âmbito da auditoria externa dos demonstrativos financeiros do próprio BNDES, uma vez que o Fundo, de natureza contábil e sem personalidade jurídica, tem suas contas alocadas nos registros contábeis dessa instituição.
 
Auditoria contábil (financial audit): avalia a veracidade dos saldos registrados nas Demonstrações Financeiras do Fundo Amazônia, bem como a adequação da alocação desses saldos nas Demonstrações Financeiras do BNDES. Essa auditoria incide sobre os valores depositados no Fundo Gaia, do Banco do Brasil, fundo de aplicação de perfil conservador contratado para remunerar e manter a atualização monetária das parcelas doadas e efetivamente ingressadas no país. São também verificados os contratos com beneficiários, os recursos desembolsados do Fundo Gaia, que são destinados para aplicação nos projetos apoiados, bem como as despesas incorridas com a gestão do Fundo.
 
Abaixo, encontram-se os relatórios de auditoria relativos às atividades do Fundo Amazônia. Em todos os anos, os auditores concluíram pela adequação dos saldos contábeis apresentados pelo BNDES.
 
 
 
O segundo processo trata da auditoria de cumprimento (compliance audit). Essa auditoria é realizada por empresa de serviços especializados em auditoria externa independente de asseguração limitada.
 
Auditoria de cumprimento (compliance audit): avalia se os projetos apoiados pelo Fundo Amazônia, tendo em vista seus objetivos, produtos, serviços e ações previstas, estão em conformidade com as determinações do Decreto 6.527/08, as Diretrizes e Critérios do COFA, o Plano Amazônia Sustentável (PAS) e o Plano de Ação para a Prevenção e o Controle do Desmatamento na Amazônia Legal (PPCDAM).

Abaixo, encontram-se os relatórios de auditoria de cumprimento relativos às atividades do Fundo Amazônia: