O orçamento do Fundo Amazônia é composto por receitas oriundas de doações em espécie captadas pelo BNDES, cabendo ao Banco gerir tais valores e aplicá-los, de forma não-reembolsável, em projetos que se enquadrem nas determinações do Decreto nº 6.527/08.

Os limites de captação de recursos são definidos, anualmente, pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA), levando em conta a redução efetiva de emissões de carbono oriundas de desmatamento nos anos anteriores, e seu ateste é realizado pelo Comitê Técnico do Fundo Amazônia (CTFA) . Com base nessa informação, o BNDES fica autorizado a captar doações para o Fundo, devendo o Banco expedir diplomas com indicação do valor doado equivalente em toneladas de carbono. Esses diplomas são nominais, intransferíveis e não geram direitos ou créditos de nenhuma natureza.

Deve-se registrar que, das doações recebidas, o BNDES segrega a importância equivalente a 3% (três por cento) do valor de cada doação para cobertura de seus custos operacionais e das despesas relacionadas ao Fundo Amazônia. Os valores remanescentes dessa segregação são aplicados em um fundo de investimento de renda fixa mantido em nome do Banco, denominado Fundo Gaia. Os recursos doados permanecem nesse fundo até o momento de serem desembolsados para os projetos não-reembolsáveis apoiados pelo Fundo Amazônia.

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