El Comité Orientador del Fondo Amazonia - COFA, tiene la atribución de determinar sus directrices y seguir los resultados obtenidos.

Al COFA le cabe además el rol de velar por la fidelidad de las iniciativas apoyadas por el Fondo Amazonia, por la determinación de sus directrices de aplicación de los recursos, en conformidad con las metas, compromisos y políticas del Plan de Prevención y Control de la Deforestación en la Amazonia Legal – PPCDAM y de las directrices estratégicas del Plan Amazonia Sostenible – PAS.

Es un comité tripartito, compuesto por tres bloques: gobierno federal, gobiernos estatales y sociedad civil. Cada bloque tiene derecho a un voto en las deliberaciones. Cada miembro tiene derecho a un voto dentro de su bloque.

Composición del COFA

Gobierno Federal  

• Ministerio del Medio Ambiente (Presidente)
• BNDES (Secretaria)
• Ministério de Desarrollo, Industria e Comercio
• Ministério de las Relaciones Exteriores
• Ministério de la Agricultura, Ganadería y Abastecimiento
• Ministério del Desarrollo Agrario
• Ministério de la Ciencia y Tecnología
• Gabinete de Ministros
• Secretaría de Asuntos Estratégicos de la Presidencia de la República

Gobiernos Estatales

Integran el Comité los representantes de los gobiernos de los nueve estados de la Amazonia Legal, aunque sólo tienen derecho a voto los que hayan elaborado sus planes de prevención y combate a la deforestación: 

• Acre
• Amapá
• Amazonas
• Maranhão
• Mato Grosso
• Pará
• Rondonia
• Roraima
• Tocantins

Sociedad Civil 

• Foro Brasileño de ONGs y Movimientos Sociales para el Medio Ambiente y el Desarrollo (FBOMS) – del cual forma parte el Instituto Socioambiental (ISA),
• Coordinación de las organizaciones indígenas de la Amazonia brasileña (Coiab)
• Confederación Nacional de los Trabajadores en la Agricultura (Contag)
• Sociedad Brasileña para el Progreso de la Ciencia (SBPC)
• Confederación Nacional de la Industria (CNI)
• Foro Nacional de las Actividades de Base Forestal (FNABF)